Como dato histórico, en la región donde se localiza el ingenio actualmente, existieron varias haciendas azucareras que desde el siglo pasado se dedicaron a la explotación de la caña de azúcar, mediante la instalación de rústicos trapiches. Entre ellos podemos mencionar a las haciendas “LA RESOLANA, ZAPOTILLO, LA CONCHA, MESA DE LAS VIGAS” etc., donde aún a la fecha se localizan algunos vestigios de los antiguos chacuacos, que en su mayoría han sido completamente abandonados.

El Ingenio José María Morelos, S.A. DE C.V., proviene de la instalación de una fábrica usada, que se trasladó de la zona llamada Hospital del estado de Morelos, constituyendo una de las instalaciones más recientes en el estado de Jalisco, esta se llevó a cabo al iniciarse la década de los años sesenta, siendo presidente de la República Mexicana el Lic. Adolfo López Mateos, auspiciada en aquel entonces por la Secretaría de Agricultura y Ganadería.

En 1961 se iniciaron los trabajos para la preparación de la tierra y obras para la construcción del ingenio, mismas que concluyeron dos años después; la zafra de prueba tuvo lugar del 13 de abril al 13 de junio de 1963 y en ella se molió un total de 29,994 toneladas de caña y se produjeron 1,888 toneladas de azúcar.

Durante las Primeras zafras la dirección de la empresa estuvo a cargo de la Impulsora Morelense, S.A., posteriormente su administración paso a ser responsabilidad de la Operadora Nacional de Ingenios, S.A. (ONISA), después de la Comisión Nacional de la Industria Azucarera (CNIA), y hasta octubre de 1991 de Azúcar S.A. de C.V. (AZÚCAR)  en que se privatizo, siendo adquiridas sus acciones en julio de 1993 por la familia de Don Pablo Machado Llosas Q.E.P.D., registrándose su mejor periodo técnico-integral  durante los ciclos de 1994/1995 a 1998/1999 y expropiado el 3 de septiembre del 2001 por el gobierno federal, siendo devuelto a Grupo La Margarita el 09 de junio del 2011.